Breve aproximación a la naturaleza genómica de Moniliophthora roreri CPMRT01 aislado de cacao en Tabasco, México//Brief approach to the genomic nature of Moniliophthora roreri CPMRT01 isolated from cocoa in Tabasco, Mexico

Autores/as

  • Enrique Hipólito-Romero Centro de EcoAlfabetización y Diálogo de Saberes. Universidad Veracruzana. Av. de las Culturas Veracruzanas s/n, Col. Emiliano Zapata, C.P. 91060. Zona Universitaria, Campus USBI. Xalapa, Veracruz, México https://orcid.org/0000-0002-8137-8640
  • Eliezer Cocoletzi-Vásquez Centro de EcoAlfabetización y Diálogo de Saberes. Universidad Veracruzana. Av. de las Culturas Veracruzanas s/n, Col. Emiliano Zapata, C.P. 91060. Zona Universitaria, Campus USBI. Xalapa, Veracruz, México
  • José M. Ramos-Prado Centro de EcoAlfabetización y Diálogo de Saberes. Universidad Veracruzana. Av. de las Culturas Veracruzanas s/n, Col. Emiliano Zapata, C.P. 91060. Zona Universitaria, Campus USBI. Xalapa, Veracruz, México
  • Cesar Espinoza Centro de Investigación en Micología Aplicada. Universidad Veracruzana. Médicos no. 5, Col. Unidad del Bosque, C.P. 91010. Xalapa, Veracruz, México https://orcid.org/0000-0002-9989-0503
  • Magdiel Torres-de la Cruz División Académica de Ciencias Biológicas. Universidad Juárez Autónoma de Tabasco. Carretera Villa Hermosa-Cárdenas, Km. 0.5, C.P. 86039. Municipio Centro. Tabasco, México https://orcid.org/0000-0002-5030-5932
  • Jorge Ricaño-Rodríguez Centro de EcoAlfabetización y Diálogo de Saberes. Universidad Veracruzana. Av. de las Culturas Veracruzanas s/n, Col. Emiliano Zapata, C.P. 91060. Zona Universitaria, Campus USBI. Xalapa, Veracruz, México https://orcid.org/0000-0001-6297-0748

DOI:

https://doi.org/10.18633/biotecnia.v22i2.1244

Palabras clave:

basidiomiceto fitopatógeno, genoma, metabolismo secundario, moniliasis, reconstrucción filogenética

Resumen

Moniliophthora roreri es un hongo de suma importancia agroeconómica principalmente en el continente americano, ya que es el agente causal de la moniliasis de al menos cuatro especies de cacao. El genoma de este hongo consta de aproximadamente 52,3 Mpb, cuyos genes de interés se reagrupan dependiendo de su naturaleza (e.g. hemibiotróficos, biotróficos y fitopatogénicos). Por otro lado, Moniliophthora es capaz de metabolizar proteínas involucradas en procesos de infección, regulación metabólica y mecanismos de defensa. El objetivo principal de este trabajo fue caracterizar un fragmento del genoma de una cepa de M. roreri, previamente aislada de cacao en el Estado de Tabasco, México. Para ello, se implementó una estrategia experimental que involucró la generación de bibliotecas genómicas así como una secuenciación de regiones nucleotídicas consenso, predicción heurística-funcional e identificación de hipotéticos dominios conservados, respectivamente. El estudio permitió explorar alrededor del 16 % del genoma de la cepa. Entre los resultados y conclusiones obtenidas más interesantes, se generaron reconstrucciones filogenéticas de máxima identidad respecto a un genoma de referencia y, cuyos transcritos se encontrarían involucrados en procesos de fitopatogenicidad y metabolismo secundario, identificándose aparentes dominios proteicos y sitios catalíticos activos en algunos de los cóntigos estudiados.

ABSTRACT

Moniliophthora roreri is a fungus of extreme agroeconomic importance mainly in the American continent, since it is the causal agent of moniliasis of at least four cocoa species. The genome of this fungus consists of approximately 52,3 Mbp, whose genes of interest may be regrouped depending on their nature (e.g. hemibiotrophics, biotrophics and phytopathogenics). On the other hand, Moniliophthora is liable to metabolize proteins involved in infection processes, metabolic regulation and defense mechanisms. The aim of this work was to partially characterize a fragment of the genome of a M. roreri strain previously isolated from cocoa in the State of Tabasco, Mexico. To reach this goal, an experimental strategy was implemented that involved the generation of genomic libraries as well as a consensus nucleotide region sequencing, functional-heuristic prediction and identification of hypothetical conserved domains, respectively. The study allowed to explore about 16 % of the strain´s genome. Among the most interesting results and conclusions obtained, phylogenetic reconstructions of maximum identity respect to the reference genome were reached, whose transcripts would be involved in phytopathogenic processes and secondary metabolism, identifying apparent protein domains and active catalytic sites in some of the contigs under study.

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Publicado

2020-03-21

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Hipólito-Romero, E., Cocoletzi-Vásquez, E., Ramos-Prado, J. M., Espinoza, C., Torres-de la Cruz, M., & Ricaño-Rodríguez, J. (2020). Breve aproximación a la naturaleza genómica de Moniliophthora roreri CPMRT01 aislado de cacao en Tabasco, México//Brief approach to the genomic nature of Moniliophthora roreri CPMRT01 isolated from cocoa in Tabasco, Mexico. Biotecnia, 22(2), 39–49. https://doi.org/10.18633/biotecnia.v22i2.1244

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