La tubería de comandos Not-alike3 encuentra blancos genómicos para el diagnóstico molecular de enfermedades causadas por microorganismos patógenos
DOI:
https://doi.org/10.18633/biotecnia.v27.2495Palabras clave:
Programación Python, Diagnóstico Molecular, Detección de patógenos, Biología molecular, SHGResumen
Las técnicas moleculares basadas en ADN son cruciales para la identificación correcta de microorganismos. A pesar de su velocidad y sensibilidad, la especificidad depende en el diseño de la sonda o el primer de PCR. La búsqueda por secuencias únicas en gnomas de organismos tiene varias aplicaciones como la misma identificación de microorganismos. Existen herramientas bioinformáticas publicadas que emplean el concepto de hibridación genómica sustractiva in silico para la identificación de regiones únicas o específicas de especie dentro de un genoma de interés. Sin embargo, éstas usan herramientas desactualizadas y/o lenguajes de programación que actualmente no son usados en el área de la bioinformática, otras herramientas son muy especializadas o son difíciles de obtener debido a que los repositorios (acervos) donde se hospedan las herramientas no son públicas o están apagados actualmente. Para abordar estos problemas, implementamos el concepto de hibridación genómica sustractiva in silico en una tubería de comandos escrita en Python que es amigable, de código abierto, gratis y fácil de instalar (llamada Not-alike3). Adicionalmente, diseñamos primers de PCR utilizando como molde la secuencia de regiones únicas identificadas en los genomas de dos especies de Mucorales, Rhizopus oryzae y Cuninghamella bertholletiae empleando la tubería Not-alike3, después realizamos evaluaciones de especificidad para desafiar esos primers que diseñamos y observamos que dichos primers fueron específicos de especie.
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